距离暗杀杀老师（二宫和也配音）的最后期限越来越近，一直潜伏在三年E班的秘密武器也终于出动背负莫大仇恨的茅野枫（山本舞香饰）露出了隐藏已久的触角，向杀老师展开绝命袭击。恰恰借助这一事件，杀老师讲述了自己和E班曾经的代课老师雪村亚久里（桐谷美玲饰）一段永生难忘的渊源。围绕着暗杀行动是否进行，潮田渚（山田凉介饰）,赤羽业（菅田将晖饰）等人截然分成两派。他们一面希望令地球免于毁灭的，一面试图拯救杀老师的生命。与此同时，沉默已久的各国政府也开始酝酿最后的行动，而作为一切混乱的肇事者白先生（成宫宽贵饰）亦将成为决定杀老师命运的重要存在。师生告别的时刻终将到来……
