明朝嘉靖年间，嘉靖帝昏庸无能，朝廷被严党把持，内部朝政腐败，沿海倭寇横行，整个朝野被牢牢掌控在严党党魁——奸相严嵩之子严世蕃的手中，明朝危在旦夕少林寺观海方丈隐居达摩洞后，少林僧众既心忧国难，又对前程一片迷茫。少林新收的俗家弟子程闻道、高剑雄、海大力与严氏父子有灭门之仇，因天分极高，被分别安排到达摩堂，药局和般若堂苦修武功、医道和禅学。为了达到控制少林为己所用的目的，严世蕃借平倭之名调走了少林武僧团，又勾结少林叛徒疯头陀霸占少林，把一方禅林净土变成了人间炼狱。练功有成的程闻道等人在观海大师的暗中帮助下，带领少林僧众与疯头陀和严党周旋，最后铲除了疯头陀，并协助朝中的正义之士扳倒了严氏父子。
